2008年春CCS特集：分子機能研究所

独自技術で創薬支援ソフト、ドッキング解析で新手法

　2008.06.25−分子機能研究所は、加ハイパーキューブの分子モデリングシステム「HyperChem」を基盤に、独自のノウハウで開発した創薬支援システムを提供している。標的たん白質のホモロジーモデリングから医薬候補化合物のドッキングシミュレーション、バーチャルスクリーニングまで、SBDD（ストラクチャーベースドラッグデザイン）のための一連の機能を簡単な操作で使いこなすことができる。発売以来の１年半で国内外の研究機関50サイトへの導入実績を築いている。

　同社のシステムはハイパーキューブの専用スクリプト言語で開発されており、基本的な機能はHyperChemを利用しているが、実際の操作は独自のGUI（グラフィカルユーザーインターフェース）を通じて行う。最新版は、リッチで洗練されたGUIを搭載しており、さらに使い勝手が向上している。

　とくに、ホモロジーモデリングについては、植物や昆虫系など参照たん白質がみつかりにくい（相同性が10％台など）場合でも、精密なモデリングができるように機能強化された。自動化にもいっそう磨きがかかっているため、利用者の裾野がますます広がると期待される。

　一方、ドッキング機能に関しても、リガンドとの複合体としての立体構造データを持たないたん白質に対しても、手間をかけることなくドッキング解析を行いたいというニーズにこたえて、新しいフレキシブルドッキングアルゴリズムを搭載。誘導適合効果を超えた大きな構造変化を取り扱うことが可能になった。

　実際に複数の顧客事例を通して、リガンドと結合していないアポたん白質で、結合状態のホロたん白質のドッキングモードを再現できるという結果が得られているという。